EBPocket 2.28にしたからかどうかわかりませんが（タイミング的にはその時、ただし英辞郎のバージョンを上げたのも同時期なのでそれが原因かも）、起動時にクラッシュするようになってしまいました。
過去のSettingsをバックアップしていたので、思い切って削除してみると、辞書を認識していないことがわかりました。
「Add Dictionary」（iPhoneの言語は英語）では、EDICT2とPDICの英辞郎（EIJI-1441、…）のみしか表示されません。
他に，EPWINGの辞書が数十個あります。
10GB超のhoge.pkg（フォルダをファイルにしている）をiTunesからiPhoneに移しています。
以前からそうしていました。何年も重宝してきたので困っています。
この問題に直面しているのは私だけでしょうか？

> EBPocket 2.28にしたからかどうかわかりませんが（タイミング的にはその時、ただし英辞郎のバージョンを上げたのも同時期なのでそれが原因かも）、起動時にクラッシュするようになってしまいました。
> 過去のSettingsをバックアップしていたので、思い切って削除してみると、辞書を認識していないことがわかりました。
> 「Add Dictionary」（iPhoneの言語は英語）では、EDICT2とPDICの英辞郎（EIJI-1441、…）のみしか表示されません。
> 他に，EPWINGの辞書が数十個あります。
> 10GB超のhoge.pkg（フォルダをファイルにしている）をiTunesからiPhoneに移しています。
> 以前からそうしていました。何年も重宝してきたので困っています。
> この問題に直面しているのは私だけでしょうか？

英辞郎をいったん外して問題を切り分けたほうがいいかもしれませんが、
辞書を認識していないほうの問題は、
http://ebstudio.info/manual/EBPocket_iPhone/web_faq.php
Ｑ.EBPocketが起動しなくなりました。
の2,3,4を順にお試しください。

.pkgに固める方法は、当初推奨していましたが、
辞書をフォルダごとiTunesでコピーするほうが管理がやりやすいと思います。

> 英辞郎をいったん外して問題を切り分けたほうがいいかもしれませんが、

結論から言うと、iPhoneにコピーした辞書が間違ったものでした。
MDict対応になってから辞書の認識方法に変更があったのではいかと疑ってすみません。

とりあえず英辞郎を外そうと思い操作すると、すぐに自分の間違いに気づきました。
英辞郎のバージョンを変える必要があるかどうか試そうと作成した辞書を作成したにもかかわらず、試すことを忘れたままいろいろ入った辞書だと思い込んで使おうとしていました。

おっしゃるとおり、iTunesがフォルダのコピーに対応したので、.pkgではなくフォルダのまま管理しているとこうした間違いに気づきやすそうですね。

数日間使えなくなったことで不自由を痛感しました。
引き続き今後もありがたく使用させていただきます。
この度はお手数をおかけして大変申し訳ありませんでした。