先日、Hyper Estraierのことを調べていて、 HyperEstraier 1.4.13のバグについての記事をみつけました。

2008-02-17 HyperEstraier - 日本語パス名はやっぱり鬼門 http://d.hatena.ne.jp/aenomoto/20080217/1203265210

2009-12-08 HyperEstraierのインデックス更新 http://d.hatena.ne.jp/aenomoto/20091208

KWIC Finder 3.30で使っている HyperEstraier 1.4.10でも、これと同じバグがあるようです。
上記の記事には対応方法も書かれていて、パッチを当てたHyperEstraier 1.4.13をダウンロードしてKWIC Finder で試したところ、バグが直っていたようですので、申し添えておきます。