こんにちは。ishidaさまのEBStudioにより、ラテン語・ギリシア語の辞書を作成しております。

EBStudioの オプション→詳細設定→INDEX→見出しの中でインデックスに記録しない記号→「その他任意」に、= （半角等号）を指定して辞書を作成すると、期待通りの振る舞いになります。
しかし、これをセーブして、EBStudioを再起動すると、= が除外文字から消えてしまいます。
ebsファイルには
　delChars=|()'`\/^_*+=
というように、確かに = が記録されているのですが、一つの行に = が２度出てきてしまうのが良くないのかも知れません。
とりあえず、ebsファイルロード後に = を除外文字に追加していますが、たまに忘れます。

もしなにかの機会にご対応いただければ幸いです。