当方、勤務先と自宅とで交互に開発しており、
ebsファイルをいちいちパスで指定するのが面倒です。
インストール後、「C:\Program Files\EBStudio」内の全てを作業ディレクトリにコピーして作業してみましたが、変換はうまくいくようです。
レジストリその他で、インストール先のディレクトリを変更すると不具合が出ることはないしょうか。